Theo tờ trình của Chính phủ, dự án Luật Giao thông đường thuỷ nội địa năm 2004 được Quốc hội thông qua và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2005. Sau 8 năm thi hành, Luật Giao thông đường thuỷ nội địa năm 2004 đã bộc lộ những hạn chế cần được nghiên cứu sửa đổi, bổ sung cho phù hợp với tình hình thực tiễn. Theo đó, dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung 36 điều, trong đó sửa đổi, bổ sung 33 điều ở các Chương I, II, III, IV, VII, VIII và bổ sung 01 Chương (Chương VIIa) với 3 điều, chiếm 35% tổng số điều của Luật Giao thông đường thuỷ nội địa năm 2004, trong đó mở rộng phạm vi điều chỉnh, bổ sung các quy định về nội dung quản lý nhà nước; cứu nạn, cứu hộ giao thông đường thuỷ nội địa; quy hoạch và quản lý khai thác cảng, bến thủy nội địa…